发薪日不在职公司按底薪发工资的处理可能受以下特殊情况影响：1.双方协商一致调整工资：若劳动者与公司书面约定“发薪日不在职时按底薪发放”，且约定不违反最低工资标准，该约定有效，公司按底薪发放符合规定；2.劳动者因个人原因长期旷工：若劳动者因旷工导致发薪日不在职，公司可根据规章制度按底薪发放，但需确保制度合法且已公示；3.公司因经营困难停工：若公司因经营困难停工，与劳动者协商按底薪发放工资，且不低于当地最低工资标准，该行为合法。这些情形会直接影响公司行为的合规性，需结合具体情况判断。
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发薪日不在职公司按底薪发工资可能存在以下法律风险，需引起重视：1.公司面临支付赔偿金风险：若公司未按合同约定足额支付工资，劳动者可依据《劳动合同法》第八十五条要求支付赔偿金。例如，某员工月工资5000元，发薪日因事假不在职，公司仅发2000元底薪，员工可主张补足差额并要求50%-100%的赔偿金；2.劳动者权益受损风险：若劳动者未及时维权，可能导致工资损失无法追回。例如，某员工连续3个月发薪日不在职，公司累计少发工资1万元，因未及时收集证据，仲裁时无法举证导致败诉。
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关于发薪日不在职时公司按底薪发工资是否符合规定，需结合具体情况判断。以下为您详细分析不同情形下的合规性：1.若劳动合同明确约定“发薪日不在职仅发底薪”且该约定不违反最低工资标准，可能部分有效；2.若劳动合同未约定该规则，公司单方面按底薪发放则不符合规定；3.若劳动者因公司原因（如停工待岗）导致发薪日不在职，公司仍需按合同约定足额支付工资。
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发薪日不在职时，部分劳动者可能因操作不当导致权益受损，以下为常见错误行为：1.忽视合同约定：未仔细核对劳动合同中关于工资支付的条款，盲目接受公司按底薪发放的决定，错失维权依据；2.未及时收集证据：未保存工资条、考勤记录等关键证据，导致后续维权时无法证明公司未足额支付工资；3.拖延维权时间：超过劳动争议仲裁时效（一年）才主张权益，可能丧失胜诉权。若您已出现类似错误，建议尽快咨询律师，采取补救措施减少损失。

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